《军师联盟》技能系统分为技能、绝技、天赋三个界面。技能界面中是游戏角色的基础技能，角色基础技能共有五个。绝技是击杀世界Boss后获得强力技能十分稀有。天赋技能是增加角色属性与攻击效果的被动技能。

技能界面

技能界面包含角色技能的详细信息，技能介绍、技能等级、技能动态、技能效果。技能升级需要消耗“精力”，“精力”可通过主线和支线任务获得除此之外还可通过“攻城略地”玩法获得。技能界面中是游戏角色的基础技能，角色基础技能共有五个。

绝技界面

绝技界面包含人物绝技的介绍、效果、动态、属性加成。绝技可通过参与击杀世界Boss获得，击杀不同世界Boss获得对应的绝技。绝技是击杀世界Boss后获得强力技能十分稀有。

天赋界面

       天赋技能为五个一组的技能树，共有三组，每组增加的属性效果各不相同，技能树中前四个为增加人物属性的被动技能，最后一个为攻击时触发效果的技能。

天赋界面随主线任务完成度解锁，可通过花费铜钱进行升级，升级可获得属性加成，达到角色等级条件可解锁神算技能，达到前置神算技能等级条件，可升级当前神算技能。天赋技能是增加角色属性与攻击效果的被动技能。